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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
16/02/2012 |
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Data da última atualização: |
17/04/2018 |
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Autoria: |
NASCIMENTO, M.; SÁFADI, T.; SILVA, F. F. e. |
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Afiliação: |
Moysés Nascimento, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Estatística; Thelma Sáfadi, Universidade Federal de Lavras, Departamento de Ciências Exatas; Fabyano Fonseca e Silva, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Estatística. |
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Título: |
Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 11, p. 1489-1495, nov. 2011 |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Título em inglês: Application of cluster analysis of temporal gene expression data to panel data. |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados "microarray time series" e utilizadas, como variáveis, no processo de agrupamento. As previsões da expressão gênica foram feitas dentro de cada grupo formado, a partir dos ajustes no modelo AR(p) para dados em painel. O método de Ward foi o mais apropriado para a formação de grupos de genes com séries homogêneas. Uma vez obtidos esses grupos, é possível ajustar o modelo AR(2) para dados em painel e predizer a expressão gênica em um tempo futuro (135 min), a partir de um pequeno número de observações temporais (os outros nove valores de "fold-change"). |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Método de Tocher; Método de Ward; Microarranjo; Modelo autorregressivo; Série temporal; Tocher’s method. |
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Thesaurus Nal: |
bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/54279/1/46n11a10.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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| 1. |  | SANTOS, A.; AMARAL JÚNIOR, A. T. do; FRITSCHE-NETO, R.; KAMPHORST, S. H.; FERREIRA, F. R.; AMARAL, J. F. T. do; VIVAS, J. M. S.; SANTOS, P. H. A. D.; LIMA V. J. de; KHAN, S.; SCHMITT, K. F. M.; LEITE, J. T.; SANTOS JUNIOR, D. R. dos; BISPO, R. B.; SANTOS, T. de O.; OLIVEIRA, U. A. de; GUIMARAES, L. J. M.; RODRIGUEZ, O. Relative importance of gene effects for nitrogen-use efficiency in popcorn. PLoS ONE, v. 14, n. 9, e0222726, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 2. | | STARLING, L. C. T.; MARTINS, L. D.; RODRIGUES, W. N.; REINICKE, T. M.; COLODETTI, T. V.; AMARAL, J. F. T. do; PARTELLI, F. L.; TOMAZ, M. A.; ESPINDULA, M. C. Genetic diversity in nutritional parameters in response to drought of Coffea canephora cultivated in Rondonia state, Brazil. Genetics and Molecular Research, v. 18, n. 2, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 4. | | STARLING, L. C. T.; MARTINS, L. D.; RODRIGUES, W. N.; REINICKE, T. M.; AMARAL, J. F. T. do; TOMAZ, M. A.; ESPINDULA, M. C. Variability and nutritional balance among genotypes of Coffea canephora (Rubiaceae) in drought versus adequate water supply. Genetics and Molecular Research, v. 17, n. 4, gmr18121, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 5. | | ANDRADE JÚNIOR, S. de; VENANCIO, F. C. D.; AMARAL, J. F. T. do; ESPINDULA, M. C.; VERDIN FILHO, A. C. Recipientes e substratos para produção de mudas de Coffea SP. In: FERREIRA, A.; LOPES, J. C.; FERREIRA, M. F. da S.; SOARES, T. C. B. (Org.). Tópicos Especiais em Produção Vegetal VI. Alegre, ES: CAUFES, 2016. p. 316 - 341.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| 6. | | TEIXEIRA, A. das G.; AMARAL, J. F. T. do; FERRAO, M. A. G.; MORELI, A. P.; REIS, E. F. dos. Resposta de cafeeiros do gênero ARABICA com e sem irrigação na Região Serrana do Espírito Santos. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 7. | | GOMES, F. P.; SILVA, L. D. da; LAVIOLA, B. G.; AMARAL, J. F. T. do. Fisiologia e relações hídricas em pinhão manso In: GARCIA, G. de O.; REIS, E. F. dos; LIMA. J. S. de S.; XAVIER, A. C.; RODRIGUES, W. N. (Org.). Tópicos especiais em produção vegetal V. Alegre, ES: CAUFES, 2015.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| 8. | | BELAN, L. L.; JESUS JUNIOR, W. C. de; SOUZA, A. F. de; ZAMBOLIM, L.; TOMAZ, M. A.; ALVES, F. R.; FERRAO, M. A. G.; AMARAL, J. F. T. do. Monitoring of leaf rust in conilon coffee clones to improve fungicide use Australasian Plant Pathology, v. 44, n. 1, p. 5-12, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 15. | | COLODETTI, T. V.; CHRISTO, L. F.; TOMAZ, M. A.; AMARAL, J. F. T. do; MARTINS, L. D.; RODRIGUES, W. N. Adubação nitrogenada influenciando o vigor vegetativo de plantas de crambe. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 55| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 16. | | COLODETTI, T. V.; CHRISTO, L. F.; TOMAZ, M. A.; AMARAL, J. F. T. do; MARTINS, L. D. Adubação potássica influenciando o vigor vegetativo de plantas de cambre. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 56| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 18. | | CHRISTO, L. F.; COLODETTI, T. V.; AMARAL, J. F. T. do; TOMAZ, M. A.; MARTINS, L. D.; RODRIGUES, W. N. Níveis de fósforo disponível no solo influenciado a área foliar de plantas de pinhão manso. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 95| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 19. | | CHRISTO, L. F.; COLODETTI, T. V.; AMARAL, J. F. T. do; TOMAZ, M. A.; LAVIOLA, B. G.; RODRIGUES, W. N.; MARTINS, L. D. Crescimento inicial de genótipos de pinhão manso em função de níveis de adubação nitrogenada. In: CONGRESSO DA REDE BRASILEIRA DE TECNOLOGIA DE BIODIESEL, 5.; CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURAS E BIODIESEL, 8., 2012, Salvador. Biodiesel, inovação e desenvolvimento regional: anais, trabalhos científicos. Lavras: UFLA, 2012. v. 1 p. 177-178.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 20. | | TOMAZ, M. A.; AMARAL, J. F. T. do; JESUS JUNIOR, W. C. de; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; MARTINS, L. D.; RODRIGUES, W. N. (coord.). Inovação, difusão e integração: bases para a sustentabilidade da cafeicultura. Alegre, ES: CAUFES, 2012 270 p.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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